En avril 1990, alors que la Côte d’Ivoire est secouée par une crise sans précédent, le Président Félix Houphouët-Boigny l’appelle à ses côtés, d’abord en qualité de Président du Comité Interministériel de Coordination du Programme de Stabilisation et de Relance Economique, puis en qualité de Premier Ministre, Chef du Gouvernement, le 7 Novembre 1990. Au décès du Président Houphouët-Boigny, le 7 décembre 1993, Alassane Ouattara retourne au FMI où il est nommé Directeur Général Adjoint en juillet 1994.

En juillet 1999, il met fin à son engagement auprès du FMI et rentre en Côte d`Ivoire. Il est élu Président du Rassemblement des Républicains (RDR), lors d’un congrès extraordinaire.

Candidat aux élections de 2010, Alassane Ouattara est élu Président de la République avec 54,10 % des voix, et est investi le 21 mai 2011 à Yamoussoukro, en présence de nombreux chefs d`Etat et de gouvernements étrangers.